19. Jahrhundert
1800
Gründung des „Topographischen Bureaus“ zur Vermessung des Landes. Die Akademie besitzt keine institutionell verankerten Befugnisse,ist aber durch mehrere Akademiemitglieder (Brander, Riedl, Schiegg etc.) maßgeblich beteiligt.
1802
Die Philosophische Klasse benennt sich um in „Physikalische“ Klasse.

1807
Unter der Regentschaft von Maximilian I. Joseph (1806-1825) wird die Akademie von einer freien Gelehrteneinrichtung zu einer staatlichen Zentralanstalt mit neuer Verfassung und hauptberuflich tätigen, fest besoldeten Staatsbeamten. Sie wird dem Innenministerium direkt unterstellt.
Die wissenschaftlichen Sammlungen und Anstalten des Staates Bayern werden als so genannte Attribute an die Akademie angegliedert. Dies betrifft unter anderem die Zentralbibliothek, das Naturalienkabinett, das chemische Laboratorium, Münzkabinett und Antiquarium, die Sternwarte in Bogenhausen, den Botanischen Garten und das Anatomische Theater. Ebenso fällt der Akademie das Vermögen der aufgelösten Mannheimer Akademie zu.

Joseph von Baader wird der erste Konservator des Polytechnischen Kabinetts der Akademie und übt sein Amt bis 1817 aus.
Gründung der Kommission zur Untersuchung vaterländischer Altertümer, die bis 1827 besteht.

1812
Präsident Friedrich Heinrich Jacobi tritt nach Streitigkeiten mit Friedrich Wilhelm Joseph von Schelling (1775-1854) vom Amt zurück, die Leitung der Akademie liegt bis 1822 in den Händen des Generalsekretärs Friedrich von Schlichtegroll (1765-1822).

1816
Bau der Sternwarte Bogenhausen, die am 4. Januar 1818 ihren Betrieb aufnimmt. Erster Direktor ist Johann Georg von Soldner.

Mit der Begründung des Bayerischen Wörterbuchs durch Andreas Schmeller beginnt ein bis heute andauerndes Forschungsprojekt, das zugleich das erste philologisch fundierte deutschsprachige Wörterbuch darstellt.

1817
Dieses Jahrzehnt stellt einen Höhepunkt wissenschaftlicher Forschungsleistungen dar. Zu nennen sind die Entwicklung der optischen Präzisionsinstrumente durch Joseph von Fraunhofer, der Wassersäulenmaschine durch Georg von Reichenbach oder des galvanischen Telegraphen durch Samuel Thomas von Sömmering.

Der beiden Akademiemitglieder Johann Baptist Spix und Karl Friedrich von Martius brechen zu einer Forschungsexpedition nach Brasilien auf, von der sie 1820 eine Vielzahl an Pflanzen für den Botanischen Garten in München mitbringen.
1819
Die große Quellensammlung zum deutschen Mittelalter, die Monumenta Germaniae Historica (MGH), wird unter der Leitung des Historikers Georg Heinrich Pertz (1795-1876) von der Gesellschaft für ältere deutsche Geschichtskunde begonnen. Ihre Editionen sind ausschlaggebend für die Weltgeltung der deutschen Mediävistik.
1826
1826 zieht die bayerische Landesuniversität von Landshut nach München um. Damit steht der Akademie an ihrem Sitz ein viel stärkeres Gelehrtenpotential zur Verfügung als jemals in der Epoche ihrer Gründung. Die Wissenschaft professionalisiert sich dadurch zunehmend.

1827
Unter König Ludwig I. (1786-1868) kehrt die Akademie zu ihrer ursprünglichen Bestimmung als freie Gelehrtengemeinschaft und Forschungsreinrichtung zurück. Ihre Mitglieder werden vom Staatsdienst entbunden. Die Attribute werden wieder ausgegliedert und teils einem neu geschaffenen Generalkonservatorium unterstellt, dessen Vorsitz der Akademiepräsident bis 1936 in Personalunion innehat, teils mit den Lehrsammlungen der Universität vereint.
König Ludwig I. ernennt Friedrich Wilhelm Schelling zum Präsidenten der Akademie.
Das polytechnische Kabinett, ein ehemaliges Attribut der Akademie, wird in ein „Polytechnisches Zentralinstitut“ umgewandelt, aus dem die Technische Hochschule und damit die heutige Technische Universität hervorgeht.
1841
König Ludwig I. reglementiert die Akademie und behält sich die Ernennung des Präsidenten und von sechs Mitgliedern in jeder Klasse vor. Dies stellt einen massiven Eingriff in die Selbstverwaltung der Akademie dar.
1843
Die paläontologische Staatssammlung wird durch die Zusammenlegung der Sammlungen der Akademie und der Universität gegründet.

1848
Maximilian II. besteigt den Thron. Die Akademie und ihr neuer Präsident Friedrich Wilhelm von Thiersch verlangen vom neuen König die Rücknahme der Eingriffsrechte in die Selbstverwaltung der Akademie.
1849
Die Akademie erlangt das freie Wahlrecht ihrer Mitglieder zurück.
Maximilian II. gründet die naturwissenschaftlich-technische Kommission.

1858
Maximilian II. stiftet die bis heute bestehende Historische Kommission bei der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, die auf eine Fülle grundlegender, von ihr betreuter Quelleneditionen zurückblickt.

1859
Der aus Gießen stammende Justus von Liebig wird Präsident der Akademie und trägt durch seine öffentlichen Abendvorlesungen im Liebig´schen Hörsaal zur Popularisierung wissenschaftlicher Forschungsleistungen bei.
1860
Im Jahr 1860 werden erstmals die „Sitzungsberichte“ veröffentlicht, die bis heute regelmäßig erscheinen.

1868
Die Bayerische Kommission für Internationale Erdmessung wird errichtet. Die Initiative dazu stammt von dem preußischen Offizier und Geodäten Johann Jakob Baeyer (1794-1885). Wichtige Vertreter der Geodäten waren: Carl Maximilian von Bauernfeind (seit 1865 Akademie-Mitglied), der Mathematiker Ludwig von Seidel und der Physiker Philipp von Jolly (1809-1884). 1885 wird sie zum internationalen bis heute bestehenden Erdmessungsprojekt erweitert.

1873
Während der Präsidentschaft des Theologen Ignaz von Döllinger (1873-1890) breitet sich privates Mäzenatentum in der Akademie aus. Den Beginn bildet die Liebig-Stiftung. Bereits 1914 decken private Stiftungen die Hälfte des jährlichen Finanzbedarfs. Sie ermöglichen die Durchführung großer Projekte, wie die archäologischen Ausgrabungen Adolf Furtwänglers in Ägina oder die Verlegung des Botanischen Gartens nach Nymphenburg im Jahr 1912.

1892
Prinzessin Therese von Bayern wird während der Präsidentschaft Max von Pettenkofers (1890-1899) zum ersten und bis heute einzigen weiblichen Ehrenmitglied der Akademie ernannt. Nach einigen Kontroversen über die generelle Zulassung weiblicher Mitglieder wurde sie in Anerkennung ihrer Forschungen in Anthropologie, Zoologie und Botanik aufgenommen.

1893
Mit der Kommission für die Herausgabe des Thesaurus linguae Latinae wird das erste geisteswissenschaftliche Großprojekt der Akademie im internationalen Verbund mit den Akademien in Berlin, Göttingen, Leipzig, München und Wien begründet. Die zentrale Redaktion wurde 1899 bei der BAdW angesiedelt und wird seit 1949 von mehr als 30 in- und ausländischen Akademien und gelehrten Gesellschaften getragen.
Mit der Gründung des so genannten „Cartells“ wird die bis dahin informelle Zusammenarbeit aller deutschen Akademien (Göttingen, Leipzig, München und Wien) institutionalisiert. Die Akademie in Berlin schließt sich 1906, die Heidelberger Akademie 1909/11 an.