
Die Akademie fördert herausragende wissenschaftliche Leistungen, insbesondere des wissenschaftlichen Nachwuchses, durch die Verleihung von Preisen.
Alle Preise und Medaillen verleiht der Präsident während der Feierlichen Jahressitzung der Akademie, die traditionell Anfang Dezember in München stattfindet. Sie werden gemäß den Statuten auf Vorschlag vergeben. Eine Selbstbewerbung ist ausgeschlossen.
Mit dem 2006 ins Leben gerufenen Friedrich Wilhelm Joseph von Schelling-Preis zeichnet die Akademie Spitzenforscher aus.
Exzellente Forscher aus Mathematik und Naturwissenschaften erhalten den Arnold Sommerfeld-Preis. Für herausragende Leistungen von Nachwuchswissenschaftlern in den Geisteswissenschaften vergibt die Akademie den Max Weber-Preis und den Preis der Peregrinus-Stiftung.
Der Akademiepreis geht an Persönlichkeiten, die nicht hauptberuflich in der Forschung tätig sind. Mit dem Akademiepreis der Karl Thiemig-Stiftung für Nachwuchsförderung zeichnet die Akademie besondere Leistungen ihrer Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter aus.
Persönlichkeiten des öffentlichen Lebens, die sich besonders um die Akademie verdient gemacht haben, erhalten die Medaille Bene merenti in Gold, Silber oder Bronze. Die silberne Verdienstmedaille verleiht die Akademie an Mitglieder sowie Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter.