Die Forschungsdokumentation stellt sicher, dass neben den publizierten Forschungsergebnissen auch die Ausgangs- und Quellmaterialien, maßgebliche Sekundärquellen und wichtige Zwischenstufen adäquat aufbewahrt werden. Damit ist gewährleistet, dass auch für spätere Generationen der Forschungsprozess nachvollziehbar bleibt. Ihr Mitarbeiter unterstützt die laufenden Projekte hinsichtlich der Materialien und Formen der Aufbewahrung. Die digitalen Vorlagen für die Publikationen werden von der Forschungsdokumentation in Zusammenarbeit mit der Bayerischen Staatsbibliothek der Langzeitarchivierung zugeführt.
Projekte, deren Laufzeitende in absehbarer Zeit bevorsteht, werden bei der Auswahl und Strukturierung der zu archivierenden Daten und Materialien begleitet. Von den beendeten Projekten übernimmt die Forschungsdokumentation diese Materialien zur Verwahrung.
Derzeit sind es die der Kommission für Namenforschung, der Kommission für die Herausgabe des Fichte-Nachlasses, der Kommission für die Herausgabe des Briefwechsels von Friedrich Heinrich Jacobi und der Kommission für die Herausgabe der Werke von Johannes Kepler.