Die Bayerische Akademie der Wissenschaften ist Mitglied in der Union der deutschen Akademien der Wissenschaften, die von den acht deutschen Länderakademien in Berlin, Göttingen, München, Leipzig, Heidelberg, Mainz, Düsseldorf und Hamburg) gebildet wird. Die Union führt das Akademienprogramm durch und fördert die Kommunikation zwischen den Akademien.
Die Unionsakademien sind im Ständigen Ausschuss der Nationalen Akademie der Wissenschaften Leopoldina vertreten und beteiligen sich an der wissenschaftsbasierten Gesellschafts- und Politikberatung.